Mei no Naisho tourne autour de la vie du personnage principal Mei Haruna, un jeune garçon efféminé qui a été élevé par sa mère sorcière comme une fille et qui s'est toujours considéré comme une femme. Sa mère était la seule famille qu'il avait, alors après sa mort, il est transféré dans un lycée réservé aux filles et vient résider dans le dortoir de l'école avec son chat familier parlant Abel et sa colocataire Fuuka Honjou, qui est également membre de le comité de la morale publique. Peu de temps après son arrivée à l'école, ses nouveaux amis découvrent après une démonstration magique dans le bain de la communauté du dortoir qu'il est en fait un homme, bien que cela lui vienne un choc alors qu'il est conscient des différences physiques entre lui et les filles normales. Bien qu'il ait été découvert et après une intervention utile du président pervers du conseil des élèves, le directeur de l'école décide qu'il peut rester à l'école. Le lendemain, Mei arrive à l'école avec Fuuka et s'excuse d'avoir caché le fait qu'il était une sorcière, et informe les autres qu'il est apparemment un homme. Les autres élèves l'acceptent rapidement comme l'un des leurs et sont impressionnés par la façon dont il peut utiliser la magie.
